A mediados de 1997 el Gobierno de Colombia solicitó al ACNUR prestar su asesoría a las instituciones nacionales encargadas de atender a la población desplazada, para ello era preciso que se estableciera una oficina en el país.
Con el consentimiento del Secretario General de las Naciones Unidas, el ACNUR respondió favorablemente a la solicitud del Gobierno de Colombia y en junio de 1998 abrió una oficina en Bogotá con el propósito de contribuir al fortalecimiento de la capacidad nacional de respuesta al problema del desplazamiento. Posteriormente fueron creadas otras tres oficinas en terreno.
El marco de acción del ACNUR en Colombia fue acordado en un Memorando de Intención firmado entre el Gobierno colombiano y el ACNUR, en enero de 1999. Este acuerdo establece el ámbito de acción y el contenido de las actividades del ACNUR, consistentes en asesorar a las agencias del Estado y no gubernamentales, proporcionar cooperación técnica en relación con las diversas fases del desplazamiento, incluyendo la prevención y la búsqueda de soluciones más duraderas. Adicionalmente, el acuerdo contempla el desarrollo de actividades para fomentar la cooperación internacional y coordinar las diversas iniciativas, tanto nacionales como internacionales, a favor de la población desplazada.